Evolução por seleção natural...

Darwin era agora um eminente geólogo no meio científico formado por clérigos naturalistas, com uma renda segura e trabalhando secretamente em sua teoria. Ele tinha muito a fazer, escrevendo sobre todos os seus achados e supervisionando a preparação dos vários volumes da "Zoologia" que deveriam descrever as suas colecções. Ele estava convencido da ocorrência da evolução mas, desde muito tempo, sempre esteve consciente de que a idéia de transmutação de espécies era vista como uma blasfêmia, bem como era associada com agitadores democráticos radicais na Inglaterra; portanto, a publicação de suas ideias poderia significar a demolição de sua reputação e, consequentemente, a sua ruína. Assim, ele fazia experimentos minuciosos com plantas e consultava frequentemente muitos criadores de animais, incluindo criadores de pombos e porcos, na tentativa de encontrar repostas convincentes para todos os contra-argumentos que ele conseguia antever.
Quando FitzRoy publicou seu livro sobre a viagem do Beagle em maio de 1839, o diário e comentários de Darwin foram um grande sucesso. Mais tarde naquele ano, o diário foi publicado isoladamente em um livro que se tornou um sucesso de vendas hoje conhecido como "A Viagem do Beagle" (The Voyage of the Beagle). Em Dezembro de 1839, durante a primeira gravidez de Emma, a saúde de Darwin voltou a ficar comprometida e ele conseguiu avançar muito pouco em seus trabalhos no ano seguinte.
Darwin tentou explicar sua teoria para amigos mais próximos, mas eles demoraram a mostrar interesse e pensavam que uma selecção exige um seleccionador divino. Em 1842 a família se moveu para a sua casa no campo (Down House) para escapar da pressão de Londres. Ali, Darwin escreveu um pequeno texto esboçando a sua teoria que, em 1844, seria expandido para um documento de 240 páginas intitulado "Ensaio". Darwin completou seu terceiro livro sobre geologia em 1846. Auxiliado por um amigo, o jovem botânico Joseph Dalton Hooker, ele iniciou um estudo aprofundado sobre cracas. Em 1847, Hooker leu o "Ensaio" e fez comentários que forneceram a Darwin a opinião externa que ele precisava.
Darwin temia publicar a teoria de forma incompleta considerando o fato de que as suas ideias sobre evolução poderiam ser altamente controversas se, de fato, alguma atenção fosse dada a elas. Outras ideias sobre evolução - especialmente o trabalho de Jean-Baptiste Lamarck - tinham sido consistentemente rejeitadas pela comunidade científica britânica e foram associadas à noção de radicalismo político. A publicação anónima de "Vestígios da História Natural da Criação" (Vestiges of the Natural History of Creation) em 1844 gerou outra controvérsia sobre radicalismo e evolução e foi severamente atacada pelos amigos de Darwin, o que assegurava que nenhum cientista de reputação iria querer estar associado com tais ideias.
Para tentar tratar a sua doença, Darwin foi a um spa em Malvern em 1849 e, para a sua surpresa, verificou que os dois meses de tratamento com água o ajudaram. Em seu estudo sobre cracas ele descobriu "homologias" que suportavam a sua teoria por mostrar que partes de um corpo levemente modificadas poderiam servir a funções diferentes em novos contextos. Foi então que a sua querida filha Annie adoeceu despertando novamente os seus temores de que sua doença pudesse ser hereditária. Após um longo sofrimento, ela morreu e Darwin perdeu toda a sua fé em um Deus benevolente.
Nesta época, ele conheceu o jovem naturalista, e livre pensador, Thomas Huxley que se tornaria um amigo próximo e grande aliado. O trabalho de Darwin sobre cracas (Cirripedia) lhe valeu a medalha real da Royal Society em 1853, estabelecendo definitivamente a sua reputação como biólogo. Ele completou este estudo em 1854 e voltou a sua atenção para a sua teoria de transmutação de espécies.